HYDRA in der Form, wie wir es heute kennen, wurde zur Zeit des NS-Regimes als Geheimorganisation von Johann Schmidt mit dem Ziel der Weltherrschaft gegründet. Anfangs diente die Organisation als Wissenschaftsabteilung für die SS, obwohl Hydra nie wirklich die nationalsozialistische Ideologie teilte. Stattdessen nutzte Schmidt das Dritte Reich als Ressourcenquelle für seine eigenen Forschungsprojekte. Der allgemeine Gruß von Hydra leitete sich jedoch von der SS ab, nur werden hier beide Arme mit geballten Fäusten in die Luft gestreckt und "Heil HYDRA!" gerufen.

„HYDRA ist die Wissenschaftsdivision der Nazis. Sie wird geleitet von Johann Schmidt. Aber er hat noch viel größere Pläne.“
„Die HYDRA ist praktisch eine Sekte. Sie beten Schmidt an, sie halten ihn für unbesiegbar.“

HYDRAs Hauptaufgabe bestand darin, fortschrittliche Waffen für das Dritte Reich zu entwickeln, allerdings übernahm Schmidt die volle Kontrolle und verfolgte insgeheim seine eigenen Pläne. So injizierte er sich das von Abraham Erskine entwickelte Supersoldatenserum, das ihn in seinen Erwartungen enttäuschte. Es war instabil, entstellte sein Gesicht, verlieh ihm übermenschliche Kraft und ließ ihn größenwahnsinnig werden. Im Jahr 1943 erklärte Schmidt HYDRA für unabhängig. 1942 besaß HYDRA Fabriken in Deutschland, Österreich, Belgien, Frankreich, Griechenland, Polen, Italien und der Tschechoslowakei. Alliierte Kriegsgefangene wurden gezwungen, in den Fabriken zu arbeiten. Es gab auch eine U-Boot-Basis irgendwo am Mittelmeer.
Captain America stellte sich als größter Widersacher heraus und schaffte es auch schlussendlich, Schmidt zu besiegen und HYDRA somit zu stürzen. Dachte man zumindest.

„Der Krieg hat uns viel gelehrt. Die Menschheit musste ihre Freiheit freiwillig aufgeben. Nach dem Krieg wurde S.H.I.E.L.D. gegründet und ich wurde rekrutiert. Die neue HYDRA wuchs. Ein wunderschöner Parasit in Inneren von S.H.I.E.L.D.“ - Arnim Zola

Nach dem Ende des Krieges wurde HYDRA heimlich im Inneren von S.H.I.E.L.D. wiederaufgebaut. Arnim Zola übernahm hierbei die Leitung. Er war es auch, der den totgeglaubten Bucky Barnes in eine geheime Basis von Hydra brachte, seinen Arm durch eine kybernetische Prothese ersetzte, an ihm eine Gehirnwäsche durchführte und ihm eine Form des Supersoldatenserums verabreichte. Bucky wurde zur neuen Faust von HYDRA und als Winter Soldier bekannt. In den folgenden Jahrzehnten war es seine Aufgabe, diejenigen zu ermorden, die eine Bedrohung für HYDRA darstellten, während er die Zeit zwischen den Einsätzen in der Kryostase verbrachte.

Der Einfluss von HYDRA war wieder so beachtlich, dass es in den 1960er und 1970er Jahren eine Vielzahl gefährliche Eskalationen des Kalten Krieges herbeiführte, einschließlich der Kuba-Krise, dem Aufstieg von Muammar al-Gaddafi in Libyen, sowie 1979 die iranische Revolution und in 1980ern die Rezession. Zola starb im Jahr 1972, schaffte es jedoch seinen Geist in einem gigantischen Computerkomplex weiter existieren zu lassen.

Zu Beginn des 21. Jahrhunderts breiteten sich die Agenten von HYDRA außerhalb von S.H.I.E.L.D. aus, infiltrierten wichtige Organisationen, einschließlich des US-Senats, und errichteten viele geheime Stützpunkte auf der ganzen Welt. Im Jahr 2014 gelang es HYDRA fast die Weltherrschaft zu ergreifen, doch erneut wurde ihr Plan durch Captain America vereitelt und die Existenz von HYDRA öffentlich bekannt. Diese Niederlage war jedoch nur ein vorübergehender Rückschlag für HYDRA. Die Organisation hat nach wie vor in vielen Kreisen der Politik und Wirtschaft Verbündete und Mitglieder.

Wer inzwischen die Organisation leitet, ist öffentlich nicht bekannt. Wir wissen es aber natürlich: Contessa Valentina Allegra de la Fontaine. Unter dem Namen Contessa Louise Valentina Dubois und stets mit falschem Gesicht getarnt tritt sie unter ihren Mitgliedern auf. Es wissen also nur sehr wenige, dass die Direktorin des FBI und die Strippenzieherin von HYDRA ein und dieselbe Person sind. HYDRA hat seinen Hauptstützpunkt inzwischen in Madripoor. Da das Land kein Auslieferungsabkommen besitzt, ist es der ideale Ort, um ungestört agieren zu können. Seit Jahren ist das Einzige, was zwischen HYDRA und der Weltherrschaft steht, die Anwesenheit der Avengers - allen voran Captain America - die ihre Pläne immer wieder vereiteln. Um diesem Umstand endlich ein Ende zu setzen, läuft derzeit das Projekt "Reckoning" wo Val versucht "Superhelden" für Hydra zu rekrutieren um die Avengers endgültig aus dem Weg zu räumen.